그러나, 원래 홍수에 잘 견디는 식물은 다시 자라게 되고 물위를 떠다니던 개구리밥이나 생이가래와 같은 부유성 식물은 제방의 언저리에까지 올라가 물이 빠지면서 말라죽게 된다. 또 일부는 본류로 떠내려가 하류로 이동하기도 한다.
수위가 상승하고 탁한 물이 지속되면 우포에 서식하고 있던 식물은 크게 영향을 받는다. 일차적으로 물 표면의 부유식물은 늘어난 물을 따라 흩어지게 된다. 홍수로 늘어난 부유물질은 빛의 투과량을 감소시켜 물 속에 잠긴 수생식물들의 광합성에 큰 지장을 초래한다. 불어난 물이 안정되는 동안에 물 속의 미세한 부유물질들은 가라앉으면서 잎의 표면을 덮어 이차적으로 광합성을 저해하게 된다.
그러나, 넓은 면적을 침수시키기 때문에 부유하던 식물이 흩어져 홍수가 완전히 물러가고 수위가 낮아지면 표면으로부터 많은 빛이 투과되어 물 속의 식물과 식물플랑크톤이 만들어내는 산소의 양이 증가하기도 한다.
홍수가 지나간 후 보기에는 식물상이 완전히 교란된 것처럼 보이지만 많은 생물들이 새로 차지할 공간이 생겨 매우 역동적인 환경이 만들어진다. 따라서 홍수는 늪 생태계를 지탱하는 매우 중요한 요소이기도 하다